1949年，伴隨著新中國的誕生，中國科學院成立。
作為國家在科學技術方面的最高學術機構和全國自然科學與高新技術的綜合研究與發展中心，建院以來，中國科學院時刻牢記使命，與科學共進，與祖國同行，以國家富強、人民幸福為已任，人才輩出，碩果累累，為我國科技進步、經濟社會發展和國家安全做出了不可替代的重要貢獻。
成立之初，在中央的支持下，中科院迅速凝聚了一批海內外優秀科學家，組建了高水平的研究機構，在“向科學進軍”中發揮了先導和主力軍作用。改革開放以來，率先打開與西方國家科技合作的大門，率先實行所長負責制、開放實驗室，率先設立面向全國的科學基金。創辦了聯想集團等一大批高新技術企業，推動科研成果轉化為現實生產力，發揮了改革先行者的作用。在新的歷史時期，面對知識經濟時代的機遇和挑戰，提出建設國家創新體系的構想，實施知識創新工程，凝練科技創新目標，調整重大科技佈局，創新科研組織模式，建立現代院所製度，自主創新能力大幅增強，提升了中國在國際科技界的影響力。
建院以來，中科院服務國家戰略需求和經濟社會發展，始終圍繞現代化建設需要開展科學研究，產生了許多開創性科技成果，奠定了新中國的主要學科基礎，自主發展了一系列戰略高技術領域，形成了具有中國特色的科研體系，帶動和支持了我國工業技術體系、國防科技體系和區域創新體系建設。
——從“兩彈一星”到載人航天和探月工程關鍵核心科技問題的攻克，為國家安全和航天事業發展做出了重大貢獻。
——從成功研製第一台計算機、曙光超級計算機、龍芯系列通用芯片，到單精度千萬億次超級計算系統，在我國計算機技術自主創新中發揮了骨幹作用。
——從發出中國第一個電子郵件，到建立中國互聯網信息中心、中國網通與無線傳感試驗網，成為網絡科技和網絡產業的開拓者。
——從順丁橡膠工業生產新技術，到煤製乙二醇技術、甲醇制烯烴技術、煤合成油技術及工業化應用，不斷開闢我國化學工業的新方向和生長點。
——從陸相成油理論，到海相成油的探索，為我國摘掉貧油帽子、大規模開髮油氣田提供了科學理論支持。
——從自主研製的氯黴素、青黴素，到原創的青蒿素合成、丹參多酚酸鹽、鹽酸安妥沙星，在我國藥物自主創新方面走在了前列。
——從開創中國海洋養殖業，到黃淮海中低產田改造，到生物育種，引領了我國高新農業科技的發展。
——從在世界上首次完成人工合成牛胰島素，到首次證明誘導多能幹細胞、人類基因測序，在生命科學領域取得了重要原創成果。
——從開創數學機械化證明、有限元方法，到多元復變函數論、辛幾何、哥德巴赫猜想研究方面登上世界數學的高峰，奠定了數學研究國家科學中心的地位。
——從北京正負電子對撞機，到建成上海大光源等一批大科學裝置，打造了多學科創新的重要平台。
中國科學院率先建立研究生製度，成立中國科學技術大學，建立新中國第一家研究生院，率先實行學位制，率先建立博士後製度。知識創新工程以來，高質量規模化發展研究生教育，形成了以中國科學技術大學和中國科學院研究生院為核心、覆蓋全院研究所的教育體系，形成了獨具特色的兩段式研究生教育模式，研究生教育質量不斷提高。
建院以來，先後由郭沫若（1949~1978）、方毅（1979~1981）、盧嘉錫（1981~1987）、周光召（1987~1997）和路甬祥（1997至今）擔任中國科學院院長，他們為中國科學院的建立與發展做出了卓越貢獻。全國先後有900餘位科學家當選為中國科學院院士，他們是新中國科技工作者的傑出代表。中國科學院匯聚和造就出一大批為新中國科技事業做出重大貢獻的科學家，其中代表人物有“兩彈一星元勳”於敏、王大珩、王希季、王淦昌、鄧稼先、朱光亞、孫家棟、任新民、吳自良、陳芳允、陳能寬、楊嘉墀、周光召、趙九章、錢驥、錢三強、錢學森、郭永懷、屠守鍔、黃緯祿、程開甲、彭桓武，國家最高科技獎獲得者吳文俊、王選、黃崑、劉東生、葉篤正、吳孟超、李振聲、閔恩澤、吳征鎰、徐光憲，新中國主要學科的奠基人和開拓者華羅庚、蘇步青、吳有訓、周培源、嚴濟慈、莊長恭、曾昭倫、張鈺哲、竺可楨、貝時璋、童第週、馮德培、錢偉長、李薰、周仁等，還有馮康、王應睞、陳景潤等一批勇攀世界科技高峰的傑出科學家。知識創新工程以來，中國科學院培養造就了近千名新一代科技領軍人物和科技尖子人才，形成了一支高水平的科技創新隊伍，包括600位國家重大科技任務的首席科學家或主要帶頭人，近700位國家傑出青年基金獲得者，53個國家自然科學基金創新群體，900人在重要國際科學組織擔任重要職務。同時，中科院向社會輸送了大批高素質創新創業人才。成建制向國防部門、工業部門、行業、地方、大學等輸送了大批科技人才，有力支持了我國科研體系的形成與發展。湧現出一批高科技企業的創業者和企業家。
中國科學院學部和廣大院士，團結帶領全國科技工作者，圍繞國家經濟建設、社會發展、國家安全和科技進步的重大問題，開展科技諮詢和評議，有力地支持了國家宏觀決策，充分發揮了國家在科學技術方面最高諮詢機構的作用，組織和動員全國科學家製定國家十二年遠景規劃，提出實施“863”計劃、建立科學基金制度、跟踪研究外國戰略性高技術發展、建立中國工程院、發展我國先進核能、建設可持續能源體係等一系列重大建議。知識創新工程以來，中國科學院構建了學部與實體有機結合的戰略研究體系，持續深入分析世界科技發展大勢，前瞻思考中國經濟社會發展和科技進步，提出了《迎接知識經濟時代，建設國家創新體系》 、《創新促進發展，科技引領未來》、《創新2050：科學技術與中國的未來》系列戰略研究報告及18個重要領域科技發展路線圖，在國家發展的關鍵時期提出了應對挑戰的系統科學建議和系統解決方案，從而引領了中國科技發展的方向。
如今的中國科學院，共擁有12個分院、100家直屬研究機構、100多個國家級重點實驗室和工程中心以及近千個野外觀測台站網絡，全院科研人員達5萬餘人，構建了較為合理的學科佈局，科技創新能力明顯提高，高水平的創新成果不斷湧現；建設了立足本院、服務社會的科技支撐體系，創辦了以聯想為代表的高技術企業，推動了科技成果產業化迅速發展；初步走出了一條適合中國國情建設現代國家研究院所的新路子，推動我國科技體制改革進入了以建設中國特色國家創新體係為中心的新階段，促進了全社會創新意識的大幅提升，在國際科技界也產生了重要影響。
在新的歷史時期，中國科學院作為國家戰略科技力量，將致力解決關係國家全局和長遠發展的基礎性、戰略性、前瞻性的重大科技問題，致力培養適應國家發展要求的高水平科技創新與創業人才，致力促進科技成果轉移轉化與規模產業化，致力發揮國家科學思想庫作用，致力提升中國科學技術國際競爭力，引領我國自主創新和科技進步，支撐我國科學發展與和諧發展。
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